口腔溃疡发病的原因到现在其实还不是很清楚，有可能是身体缺少微量元素锌、微量元素铁、叶酸、维生素B12、维生素B1、维生素B2、维生素B6和维生素B12、钙与维生素Ｃ，但是还有一些别的因素，比如说遗传因素、病毒感染、细菌感染、食物过敏、一些系统的疾病（比如说溃疡性结肠炎、艾滋病）、局部创伤、精神压力与内分泌紊乱。
有一些口腔溃疡患者体内会有微量元素锌、铁，还有叶酸、维生素B12的缺乏，还有百分之五到百分之十的口腔溃疡患者体内缺乏血清铁、锌、叶酸、维生素B1、B2、B6和B12，这有可能是继发于其他疾病，比如说肠胃有了问题导致吸收不良。
钙与维生素Ｃ也同样有可能缺少，但是这些结果的出现，与维生素B1缺乏相关联，但是与口腔溃疡的发生联系较少。有科学家给口腔溃疡患者适当地补充所缺乏的微量元素，结果发现可以减轻或者缓解口腔溃疡的发生和发展。
除了缺乏这些物质，口腔溃疡还有一些其他的致病原因。
口腔溃疡是有遗传倾向的，有科学家在观测了家庭成员的口腔溃疡后，提出了一个观点，亲属及双胞胎口腔溃疡患者中有常染色体隐性和多基因遗传两种遗传方式，而这两种遗传方式的改变在口腔溃疡发生发展中起到重要作用，而且同卵双胞胎比异卵双胞胎更容易遗传到口腔溃疡。遗传基因多态性的改变是导致口腔溃疡容易感染的一个重要因素。
有统计表明，大约有种细菌在人类的口腔中，它们会产生一些多肽和多糖，这些物质与我们自身的免疫系统相互作用，进而维持了人体口腔相对稳定的微环境，如果这种平衡被打破，就会导致一些口腔疾病的出现，有一些研究表明，用抗生素和益生菌进行一定的治疗，便可以加速口腔溃疡的愈合。
有很多人都认为局部创伤是口腔溃疡的一个重要病因，局部创伤导致口腔黏膜上皮水肿，还会导致早期炎症细胞被浸润，加重口腔溃疡的程度。
如果有一段时间你有焦虑抑郁情绪，那么就会增加口腔溃疡的发生的几率。生活中遭遇一些会让你产生压力的生活事件会让口腔溃疡更易被感染。但是有研究显示，会让你产生压力的生活事件会导致你的情绪改变，进而会让你的口腔溃疡更易发生，但是在口腔溃疡持续时间方面，这种原因对其没有显著影响。
在研究口腔溃疡免疫学病因时，科学家认为这主要是以细胞免疫为主，口腔溃疡的患者存在免疫功能的失常和Ｔ淋巴细胞亚群的紊乱。当前的一些观点认为多种免疫反应引起免疫复合物沉积在口腔上皮内，从而介导免疫反应损伤口腔上皮。未来的研究重点在于细胞介导的免疫反应，这个局部的免疫反应最终引起组织的破坏，从而表现为口腔溃疡。
有人认为抗氧化剂的作用也与口腔溃疡的发生相关，口腔溃疡患者血液和唾液中存在的如超氧化物歧化酶和过氧化氢酶明显高于正常人，可能是为维持机体内环境稳定，口腔溃疡患者体内氧自由基的增多，从而使相应的抗氧化剂增多，但是氧自由基与抗氧化剂在口腔溃疡中的作用仍需要进一步研究。
口腔溃疡是口腔黏膜中最常见的疾病，但致病的原因还没有完全清楚，有可能是缺乏某些物质，但也有可能是别的因素，而且还存在着明显的个体差异，但是比较统一的看法是口腔溃疡是多种因素综合作用的结果，但若是生病，比起自己猜病因，医院就诊比较好。
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小吴牙医